Nicht nur die Erfolge, sondern die vielfältigen Schwierigkeiten prägten den Verein in den folgenden Jahrzehnten.
Im Jahre 1951 wurde die Sportgemeinschaft, welche den Spielbetrieb über die Zeit der Militärregierung ermöglichte, aufgelöst und wieder in den Ursprungsnamen „FC Badenia 1912“ umbenannt.
Bereits in dieser Zeit wurde die Jugend in das Mannschaftsgefüge mit integriert. Unter dem Motto: Wer die Jugend hat, braucht um die Zukunft nicht zu fürchten, wurde die Jugendarbeit in den 60er Jahren intensiver betrieben und in den 70er Jahren zur eigenen Jugendabteilung mit damals über 100 Jugendspieler in allen Altersklassen weiter ausgebaut.
Die Aufbauarbeit trug auch bald ihre ersten Früchte, denn die E-Jugend wurde 1980 Badischer Hallenmeister wobei der legendäre SV Waldhof mit 1:0 besiegt wurde. Auch die anderen Jugendmannschaften hatten immer beachtliche Erfolge aufzuweisen.